Ciao E3dk,
Controllare che tutte le pagine sono indicizzate, e se non lo sono, capire perche' e' molto importante.
Ancora piu importante e' vedere se le pagine che hai rimosso sono collegate da links interni (death links). Google penalizza siti contenenti death links.
Utilizza questo tool per controllare se ci sono broken links nel tuo sito:
http://validator.w3.org/checklink
Nel caso ci siano dei broken links, cerca di rimuoverli.
Fammi sapere e saluti,